Cơ cấu tổ chức bộ máy:

1. Lãnh đạo Sở.

2. Văn phòng, Thanh tra và các phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở: 10 phòng.

-   Văn phòng;

-   Thanh tra;

-   Phòng phát triển đô thị và hạ tầng kỹ thuật;

-   Phòng Quy hoạch - Kiến trúc;

-   Phòng Quản lý nhà và thị trường bất động sản;

-   Phòng Quản lý xây dựng;

-    Phòng Kinh tế và Vật liệu xây dựng;

-   Phòng Kế hoạch - tài chính;

-   Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;

-  Phòng Quản lý giao thông.

3. Đơn vị sự nghiêp thuộc phòng: 02 đơn vị

-  Trạm quản lý vận tải quốc tế Lào Cai, trực thuộc phòng Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;

- Trạm kiểm tra tải trọng lưu động, trực thuộc Thanh tra Sở.

4. Tổ chức thuộc Sở: 01 đơn vị

- Chi cục Giám định xây dựng.

5. Các đơn vị sự nghiệp thuộc Sở: 04 đơn vị

-  Ban Quản lý bảo trì đường bộ;

-  Trung tâm tư vấn giám sát và quản lý dự án xây dựng;

-  Viện Kiến trúc quy hoạch xây dựng;

- Trung tâm Giám định chất lượng xây dựng.

 6. Các Ban QLDA trực thuộc UBND tỉnh (uỷ quyền cho Sở trực tiếp quản lý về tổ chức, hoạt động): 02 Ban QLDA.

-  Ban QLDA đầu tư xây dựng công trình dân dụng và công nghiệp;

-  Ban QLDA đầu tư xây dựng các công trình giao thông Lào Cai.